Puujärvi on kuusi kilometriä pitkä "harjuntakajärvi". Sen oletetaan syntyneen Jääkauden sulamisvesien siirrellessä valtavia maamassoja. Järvi jäi tällöin syntyneen Pukkilanharjun taakse 15 metriä ylemmäs Lohjanjärveä, jonne sen vedet laskevat. Harju on yksi Salpausselän jatkeista kohti Hankoa..

Järven keskisyvyys on 8.5 metriä ja syvin kohta 23 metriä. Järvi ei ole minkään vesistön osa ja veden vaihtuminen kestää yli 8 vuotta.

Järven vesi on osittain pohjavettä ja vesi on suojeltua NATURA 2000-suojeluohjelmassa. Veden laatua valvotaan vuosittaisin viranomaistarlastuksin ja tulokst julkaistaan vesienuojeluyhdistyksen Puujärvi-tiedotteessa. Järvellä on 10 km/t nopeusrajoitus.